α) Το Διοικητικό Συμβούλιο και β) ο Διοικητής του Νοσοκομείου που είναι ταυτόχρονα και Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου. Σε νοσοκομεία πάνω από 400 κλίνες προστίθεται και μια θέση Αναπληρωτή Διοικητή. Ο Διοιηκητής και ο αναπληρωτής Διοικητής των διασυνδεόμενων νοσοκομείων είναι πλήρως και αποκλειστικής απασχόλησης.
Με την υπ΄αριθμ. πρωτ. Υ10β/Γ.Π οικ. 115013/24.10.2011 ΦΕΚ 360/25.10.2011 τ. ΥΟΟΔ Απόφαση του Υπουργού Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης ο Διοικητής του Π.Γ.Ν.Θ ΑΧΕΠΑ διορίστηκε Κοινός Διοικητής των διασυνδεόμενων Νοσοκομείων Π.Γ.Ν.Θ ΑΧΕΠΑ και Νοσοκομείο Ειδικών Παθήσεων Θεσσαλονίκης.