Σε κάθε ένα από τους έξι (6) Τομείς της Ιατρικής Υπηρεσίας / Διεύθυνσης προΐσταται ο Διευθυντής του Τομέα που επιλέγεται σύμφωνα με τις διατάξεις της παραγράφου 6 του άρθρου 7 του νόμου 2889/2001, με τριετή θητεία. Ως Διευθυντής του τομέα ορίζεται Καθηγητής, ή αναπληρωτής Καθηγητής, που προΐσταται τμήματος, εργαστηρίου ή μονάδας. Ο Διευθυντής του τομέα είναι υπεύθυνος για το συντονισμό και τη λειτουργία των τμημάτων του τομέα.

Σε κάθε τμήμα, του εκάστοτε τομέα της Ιατρικής Υπηρεσίας/Διεύθυνσης, προΐσταται ιατρός Διευθυντής ή άλλος επιστήμονας της Ιατρικής Υπηρεσίας με βαθμό Διευθυντή, ο οποίος είναι υπεύθυνος για τη λειτουργία του τμήματος. Κάθε τμήμα έχει επιστημονική αυτοτέλεια.

Αρμοδιότητες της Ιατρικής Υπηρεσίας είναι η προώθηση και προαγωγή της Υγείας, της έρευνας και της εκπαίδευσης, η παροχή υπηρεσιών Υγείας και ο προγραμματισμός και ο έλεγχος των παρεχομένων υπηρεσιών.

Αυτοτελή τμήματα Ιατρικής Υπηρεσίας: Τμήμα Κοινωνικής Υπηρεσίας. Ευθύνη και φροντίδα για την συμπαράσταση στους νοσηλευόμενους στο νοσοκομείο για κάθε κοινωνικό τους πρόβλημα, την αναζήτηση και διερεύνηση των αιτίων που προκαλούν τα προβλήματα αυτά κατά περίπτωση και γενικά φροντίζει για την αντιμετώπιση των κοινωνικών αυτών προβλημάτων στο πλαίσιο της γενικότερα Κοινωνικής Πολιτικής της Πολιτείας. Τμήμα Παραϊατρικών Επαγγελμάτων (τεχνολόγων): Εντάσσονται οι δραστηριότητες των τεχνολόγων ιατρικών εργαστηρίων, των τεχνολόγων χειριστών εμφανιστών και φυσιοθεραπευτών, όπως αυτές θα έπρεπε να εξειδικεύονται στον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας του Νοσοκομείου (δεν υπάρχει).

Αρμοδιότητες Φαρμακευτικού τμήματος: έχει την ευθύνη για τον προγραμματισμό προμηθειών, την φύλαξη, την ταξινόμηση, την παρασκευή ιδιοσκευασμάτων, τον έλεγχο τη χορήγηση, την διανομή, την διακίνηση και διαχείριση του Φαρμακευτικού και λοιπού υλικού αρμοδιότητες του Ε.Ο.Φ. Ακόμη έχει την ευθύνη του Επιστημονικού ελέγχου του συνταγολογίου, της εκτέλεσης οποιασδήποτε συνταγής που θα ζητήσει το ιατρικό τμήμα καθώς και του ελέγχου των προς εκτέλεση συνταγών.